Sejarah berdirinya Kantor Imigrasi Jember berawal dari dengan pembentukan Tim Imigrasi yang dikoordinasi oleh Pemerintah Daerah setempat pada tahun 1959. Pada tanggal 26 Januari 1961 berdasarkan Keputusan Menteri Kehakiman RI didirikan Kantor Imigrasi Jember. Kantor Imigrasi Jember dikategorikan sebagai kantor Imigrasi Kelas II, dengan wilayah kerja yang cukup luas, yaitu meliputi Kabupaten Jember, Banyuwangi, Bondowoso, dan Situbondo yang tergabung dalam Karesidenan Besuki. Berdasarkan peraturan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Nomor M.HH-02.GR.02.01 Tahun 2009 tentang Tempat Pemeriksaan Imigrasi maka Tempat Pemeriksaan Imigrasi pelabuhan di wilayah kerja Kantor Imigrasi Kelas II Jember menjadi 3 (tiga) tempat Tempat Pemeriksaan Imigrasi yaitu, Pelabuhan Laut Besuki di Situbondo, Pelabuhan Laut Panarukan di Situbondo, dan Pelabuhan Laut Tanjung Wangi di Banyuwangi.
Perkembangan tersebut telah menjadikan wilayah kerja Kantor Imigrasi Jember semakin dinamis pertumbuhannya, sehingga semakin lama semakin kompleks permasalahannya. Langkah-langkah yang telah diambil Kantor Imigrasi Jember dalam meningkatkan pelayanan dan pengawasan keimigrasian adalah dengan melakukan pembaruan sistem pendataan serta sistem infomasi keimigrasian. Upaya tersebut diwujudkan dengan membuat subsistem Sistem Informasi Keimigrasian yang terintegrasi di dalam Kantor Imigrasi Jember. Hal ini dilakukan untuk menyelaraskan perkembangan kebutuhan pelayanan keimigrasian masyarakat dengan kontribusi yang telah diberikan. Hal ini tercermin dalam peningkatan dalam perolehan Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP) Kantor Imigrasi Jember dalam dua tahun terakhir.